Το Πρόγραμμα Αρχαιολογικές και γεωφυσικές έρευνες στην περαία της Σαμοθράκης διερευνά ζητήματα αρχαιολογίας και τοπογραφίας της αιγαιακής Θράκης, παντρεύοντας την Ιστορία (γραπτές πηγές, ιστορικούς χάρτες, τοπωνύμια, κ.ά.), την Αρχαιολογία Πεδίου (επιφανειακή έρευνα, μελέτη κεραμικής και άλλων ευρημάτων) και την Γεωπληροφορική (γεωφυσική, δορυφορικές εικόνες, αναλύσεις GIS). 

Ειδικότερα, οι στόχοι της επιφανειακής και γεωφυσικής έρευνας είναι:

(i) η διερεύνηση της χρήσης της γης διαχρονικά, μέσω της εξέτασης παράκτιων και ηπειρωτικών θέσεων, λαμβάνοντας υπόψη τη σύνθετη τοπογραφία και τις περιβαντολλογικές ιδιαιτερότητες της περιοχής

(ii) ο εντοπισμός και η διερεύνηση εγκαταστάσεων, οι οποίες δεν έχουν τύχει ως τώρα συστηματικής ανασκαφικής, επιφανειακής ή πολυσύνθετης έρευνας ευρείας κλίμακας και θα μπορούσαν να ταυτιστούν με θρακικές θέσεις, με οικισμούς που ίδρυσε η Σαμοθράκη, γνωστούς στη βιβλιογραφία ως «σαμοθρηίκια τείχεα» (Ηρ. 7.59, 7.108) ή με άλλες εγκαταστάσεις

(iii) η μελέτη της κεραμικής και άλλων ευρημάτων που θα συγκεντρωθούν κατά την περισυλλογή, καθώς το υλικό αυτό θα μας βοηθήσει να εκτιμήσουμε την παρουσία του ελληνικού και θρακικού στοιχείου στην περιοχή, να αξιολογήσουμε τις εμπορικές σχέσεις και πολιτισμικές αλληλεπιδράσεις και να συνεξετάσουμε τις πληροφορίες που προσφέρουν οι ιστορικές πηγές, τα τοπωνύμια και οι χάρτες για την αρχαία Θράκη

(iv) η εφαρμογή σύγχρονων μεθόδων στην αρχαιολογική έρευνα. Πιο συγκεκριμένα, εστιάζουμε στη χρήση νέων τεχνολογιών και λογισμικών επεξεργασίας, πειραματιζόμενοι με χωρικές αναλύσεις και ερμηνευτικά μοντέλα στα αποτελέσματα της επεξεργασίας των γεωφυσικών μετρήσεων και δορυφορικών εικόνων, με στόχο την ένταξη των επιλεγμένων θέσεων στο ευρύτερο γεωγραφικό και ιστορικό πλαίσιο του βόρειου Αιγαίου.

(v) Ευρύτερος στόχος του προγράμματος είναι να αποτελέσει έναν οδηγό καλής πρακτικής για παρόμοιες έρευνες.